Yarı-felçli bir savaş gazisi olan Jake Sully, kendilerine özgü dilleri ve kültürü olan, barış ve doğa ile örtülü bir çevrede yaşayan Na’vi halkının arasına gönderilir.

Askeri bir şirket uzaktaki bu gezegeni ve barındırdığı kaynaklaro incelemek üzere AVATAR adlı bir program oluşturmuştur. Bu program ile insanlar genetic mühendislik sonucu yarı insan yarı Na’vi haline getirilir ve misyoner olarak Pandora’ya gönderilirler.

Botanist Dr Grace Augustine (Sigourney Weaver) ile programa gönüllü olarak katılmış Jake’in bedenlerinin Avatar’I yaratılacak ve böylece Jake’e de felç olmuş bedenini başka bir formda kullanma şansı verilmiş olacaktır. Na’vi halkından Prenses Neytiri ile tanışan Jake, kendisini Pandora’ya gönderen tehlikeden bu halkı savunurken bulur.

Yabancısı olduğumuz bu yeni dünyaya Jake Sully isimli, tekerlekli sandalye mahkum kalmış bir gazinin gözünden bakıyoruz. Fonksiyonlarını kaybeden bedenine rağmen içinde halen savaşçı bir ruh barındıran Jake, dünyanın enerji krizini çözmeye yetecek kaynaklara sahip olan ve bu kaynakları araştırmak üzere bir birliğin çalıştığı Pandora isimli gezegene ışık yılı yolculuğu yaparak asker olarak gönderilir. Pandora’daki atmosfer toksik olduğu için Avatar isimli program oluşturulur; bu programa göre insan “operatörleri”nin bilinçleri avatar isimli uzaktan kontrol edilebilen ve öldürücü etkisi olan hava koşullarında yaşam sürdürebilmeyi sağlayan biyolojik bedene bağlanır. Bu avatarlar insan DNA’sı ile Pandora’nın yerel halkı Na’vilerin genlerinin birleştirilmesiyle oluşur.

Jake kendi avatarında yeniden doğduğu halde yürüme yetisini de geri kazanır. Gezegendeki değerli enerji kaynaklarını elde etmelerine mani olarak görülen Na’vi halkının arasına sızmakla görevlendirilir. Fakat güzel bir dişi Na’vi olan Neytiri, Jake’in hayatını kurtarır ve bu her şeyi değiştirir. Neytiri’nin kabilesi tarafından kabul edilen Jake, onlardan biri olmayı tabii kaldığı bir çok test ve macera sonrasında öğrenir.

Jake ve gönülsüz eğitmeni Neytiri arasındaki ilişki zamanla derinleşir ve böylece Na’vi halkna sayı duymayı, sonunda da onlar safhında yer almayı tercih eder. Yerli Na’vi halkına destansı ve evrenin kaderini belirleyecek bir savaşta liderlik edecek ve böylece kabul görmesini sağlayacak son sınavı da verip veremeyeceği belirlenecektir.