Japon adalarında farklı iklimler olduğu için bir çok egzotik hayvan ve bitki türüne ev sahipliği yaparlar.İşte en çok bilinenler:

-Güzelliğin sembolü kiraz ağacı
Japoncada "sakura" denilen kiraz ağacı güzelliği simgeler ve Japonya'nın milli ağacıdır.Tomurcuklanma döneminde Japon bahçelerinin tadına doyum olmaz.Japonlar için Sakura kadın güzelliğinin ve aşkın sembolüdür.Kiraz çiçeğini eserlerinde kullanmış olan bir çok Japon sanatçısı vardır ve bu bitki sadece resimde değil edebiyata ve müzikte de kendini sık sık gösterir.

Ulusal Çiçek:Krizantem
Altın krizantem Japon imparatorunun ve hükümetin mühürlerinde bile yer alır.Bin yıl önce Japon iparatorları tarafından ülkenin"resmi çiçeği" olarak seçilmiştir.Her yıl bu çiçeği yücelten "mutluluk festivali" isimli bir festival bile düzenlenir!

Matsu ve Sugi
Japonya'da en çok Çam(Matsu) ve Sedir (sugi) ağacı bulunur.Birkaç yüzyıllık ağaçlara rastlamak mümkündür ve bu ağaçlar birçok bahçeye asil ve huzur verici bir hava katarlar.

Akçaağaç
Kiraz ağacı gibi,akçaağaç yapraklı da renk değiştirir ve harika görüntüler ortaya çıkar.Japonlar bu ağacı o kadar severler ki yapraklarının kırmızıya dönmesinin "momjigari"isimli (momji Japoncada akçaaqaç demek.)isimli bir törenle kutlarlar.